В случае необходимости пролонгированного действия (например, на станциях водоподготовки) совместно с установками УФ-обеззараживания, или самостоятельно применяется метод хлорирования. Метод хлорирования наиболее распространенный и простой с точки зрения необходимого оборудования. Как правило, применяется не сам хлор, а хлорсодержащие реагенты (например, гипохлорит натрия). Это позволяет уйти от чрезвычайных мер безопасности по предупреждению аварийных ситуаций, которые требуются для обращения с хлором.